cDNA部分塩基配列およびホモロジー検索


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データベース利用案内(ごく簡単に)

1.AU036727などという番号はcDNAクローンの識別番号です。この番号をクリックすれば、各cDNAクローンの部分塩基配列およびホモロジー検索結果をご覧になれます。

2.ホモロジー検索とは、各cDNAクローンの塩基配列が既存のDNAデータベースに登録されている塩基配列に類似しているかどうかをチェックするものです。DDBJ、GenBank、EMBLなどの公開DNAデータベースに登録されるデータ量はものすごい勢いで増え続けており、1年間で約2倍にもなるペースです。したがって、ある時期に行ったホモロジー検索結果は、数カ月たつとすでに古くなってしまいます。そこで最新のホモロジー検索結果を得るため、一定の日数がたつと自動的に検索結果を更新するようなシステムを組んでおります。

3.<DNA>をクリックすると、DDBJ、GenBank、EMBLなどの登録DNAデータと比較して、類似度の高い配列から順に一覧表が示されます。

4.<protein>をクリックすると、DNA塩基配列をアミノ酸配列に翻訳したものについてホモロジー検索を行い、類似度の高いものから順に一覧表が示されます。


ここで利用している自動ホモロジー検索システムは、鵜川義弘氏(元・農業生物資源研究所・遺伝資源第二部・DNA管理情報科、現・宮城教育大学環境教育実践研究センター)によって開発されたものです。


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