スギのマイクロサテライト解析に必要な第二世代の解析フレームワークの構築

上野 真義・森口 嘉成・内山 憲太郎・伊原 徳子（森林総合研究所 森林遺伝研究領域）、二村 典宏（森林総合研究所 生物工学研究領域）、櫻井 哲也（理研・植物科学研究センター）、篠原 健司（森林総合研究所 生物工学研究領域）、津村 義彦（森林総合研究所 森林遺伝研究領域）

BMC Genomics、13巻136（2012年） DOI:10.1186/1471-2164-13-136（外部サイトへリンク）

次世代シーケンサーの登場により、塩基配列の決定速度は数百倍から数千倍に速まり、膨大な塩基配列情報を収集することが可能になりました。本研究では、我が国を代表する林業樹種であるスギを対象に、次世代シーケンサーを利用して、膨大な遺伝子の塩基配列情報を収集しました。そして、これらの塩基配列情報を解析するコンピュータープログラムのフレームワークを構築し、マイクロサテライト（ゲノム上に存在する反復配列で、数塩基単位の配列の繰り返しからなる）を効率的に解析しました。マイクロサテライトはゲノム中に広く散在しており、普通は中立で共優性を示すことから、集団遺伝学やDNA鑑定のための遺伝マーカーとして利用されています。そこで、マイクロサテライトを利用した新たな遺伝マーカーを効率的に作製するシステムを開発しました。これら遺伝マーカーを利用すると、スギの遺伝変異の解析や有用形質に連鎖する遺伝マーカーの開発を迅速に進めることができます。