2026年3月18日

公益財団法人山階鳥類研究所
国立研究開発法人森林研究・整備機構森林総合研究所

45年ぶりに鳥類の新種発見！？
—トカラ列島で独自に進化を遂げた希少種トカラムシクイ—

概要

公益財団法人山階鳥類研究所と国立研究開発法人 森林研究・整備機構森林総合研究所は、ウプサラ大学、イエテボリ大学（スウェーデン）、中国科学院 動物研究所（中華人民共和国）との共同研究で、イイジマムシクイの地域個体群とされてきた鹿児島県トカラ列島のムシクイ個体群が未記載種（新種）であることを発見しました。日本国内で、新しい学名の命名を伴う鳥類種の報告は、1981年の沖縄本島やんばる地域で発見されたヤンバルクイナ以来、45年ぶり^※注1となります。
イイジマムシクイは、東京都伊豆諸島の島々に繁殖分布することは古くから知られていましたが、1989年に発表された論文でトカラ列島中之島でもよく似たムシクイ科の小鳥が繁殖していることが報告されました。伊豆諸島とトカラ列島は遠く離れていますが、両個体群間の差異は十分に検討されないまま、最初の報告での種同定をもとにともにイイジマムシクイとして分類されてきました（図1）。
今回、私たちはこの2つの地域の個体群の同一性に疑念を抱き、DNA分析により伊豆諸島とトカラ列島個体群の遺伝的な差異を調べたところ、両個体群の分岐年代は古く、280万〜320万年前に分岐したと推定されました（図2）。さらに、両個体群の形態の差異を調べてみると、トカラ個体群は伊豆個体群よりもふしょ（脚）や嘴と頭部を合わせた長さが短いことが分かりました。また、鳴き声では、さえずりに個体群間で明確な統計的違いがあることが分かりました。
そこで私たちは、トカラ列島個体群の鳥をイイジマムシクイではなく、新種「トカラムシクイ」とすることを提唱しました（図3、図4）。
トカラムシクイはトカラ列島のいくつかの島に生息しますが、確実に繁殖が確認されているのは中之島のみで、生息地が狭く個体数も多くないと推測されるため、絶滅の危険性が高い種といえます。もともとイイジマムシクイは環境省レッドリストで絶滅危惧Ⅱ類（VU）に指定されていたので、トカラムシクイも今後、同リストにより絶滅危惧のランク付けを検討する必要があるでしょう。
近年、同列島の島々は、松枯れやノヤギによる森林衰退が進行している地域があり、トカラムシクイの生息環境の悪化が懸念されるので、その進行を食い止める環境保全策も必要です。
本研究成果は、2026年3月17日からPNAS Nexus誌で公開されています。

背景

イイジマムシクイ（学名Phylloscopus ijimae）は伊豆諸島の三宅島で採取された標本をもとに1892年に新種記載され、長らく伊豆諸島で繁殖する夏鳥として知られていました。一方、鹿児島県トカラ列島の中之島では、1988年、ムシクイ科の小鳥が繁殖していることが新たに確認され、その形態とさえずりの類似性から伊豆諸島と共通するイイジマムシクイの新繁殖地として報告されました（Higuchi & Kawaji 1989）。そのため、同種の繁殖分布は、これまで、伊豆諸島とトカラ列島の島々の一部で繁殖するとされてきました（図1；日本鳥学会 2024）。しかし、伊豆諸島とトカラ列島の間は、直線距離にして約1,000 kmも離れており、両個体群に違いはないのか、私たちは疑問を感じました。そこで、今回の論文では、2つの地域個体群の間の遺伝的、形態的な違いに加えて、さえずりや地鳴きなどの音声の差異について総合的な分析を行いました。
環境省レッドリスト（第4次）によると、イイジマムシクイは、絶滅危惧Ⅱ類（VU）^※に指定されており、「絶滅の危険性が増大している種」として、保全上緊急性が高い種として指定されています。イイジマムシクイとその近縁種の分類と分布、地域個体群の現状を明らかにすることは生物多様性保全のために重要な研究課題です。

^※ 背景内注釈： 2026年3月17日に発表された第5次環境省レッドリストでは、絶滅危惧Ⅱ類（VU）（第4次）から、絶滅危惧IB類（EN）「絶滅の危機に瀕している種」に絶滅ランクが引き上げられました。

研究手法

研究成果

研究の意義

国内の鳥類の分類学的研究は、その大半が明治時代に外国の研究者によって新種の記載が完了し、もう研究され尽くしてしまったように一見おもわれます。しかし、日本国内の鳥類の個体群には、いまだ発見されていない隠れた多様性が埋もれている可能性があることを本研究の成果は裏付けています。このような隠蔽種の発見は、近年メボソムシクイ上種やオガサワラカワラヒワの研究例がありますが、これらは全てもともと亜種として認識されていたものが、分類学的再検討によって独立種となったものです。しかし、本研究の重要な発見は、トカラ列島に以前から「イイジマムシクイ」が分布することは知られていましたが、それがこれまで記載されていない、「未記載種」であるということを明らかにした点です。このために、本研究では新しい学名をトカラ個体群の個体に与えて、新種記載を行いました。日本国内で、新しい学名の命名を伴う鳥類種の報告は、1981年の沖縄本島やんばる地域で発見されたヤンバルクイナ以来であり、その意味において、「45年ぶりに鳥類の新種発見」と言えるのです。
トカラ列島は、南北1,200 kmにも及ぶ南西諸島の中で、九州と中琉球を繋ぐ地域として、また生物地理区の境界と言われている、渡瀬線を跨ぐ地域として、生物地理学的に興味深い地域です。本研究はトカラ列島の生物地理を解明する材料を提供し、その成立過程の解明に貢献できるかもしれません。

今後の予定・課題

トカラムシクイとイイジマムシクイの両種が、どのように種分化し、現在の繁殖分布域に定着してきたのか、まだその進化の過程については、詳しく解明されていません。今後は、その謎に迫る研究ができたらよいと考えています。また、世界でトカラ列島（鹿児島県十島村）にしか分布しないこの固有種をどのように絶滅の脅威から守り、保全していくのかについては、今後の課題といえます。特に同列島は火山島が多いことから地震や噴火による生息環境の破壊のリスクと常に隣り合わせです。また、ニホンイタチなどの外来捕食者の脅威といった問題もあります（関 2024）。そのため、今後も注意深く個体数のモニタリング等の調査を行う必要があるとおもわれます。

論文情報

論文名：Discovering and protecting cryptic biodiversity: a case study of a previously undescribed, vulnerable bird species in Japan（隠れた生物多様性の発見と保全：日本における未記載の絶滅危惧鳥類種の事例研究）

著者名：齋藤武馬 ¹, Daria Shipilina ², Canwei Xia ^2,3, Lijun Zhang ^2,3, 関伸一 ⁴, Urban Olsson ^5,6, Per Alström ^2,7 (¹ 山階鳥類研究所, ² Uppsala University, Uppsala Sweden, ³ Beijing Normal University, Beijing China, ⁴ 森林総合研究所（関西支所）, ⁵ Gothenburg University, Göteborg Sweden, ⁶ Gothenburg Global Biodiversity Centre, Göteborg Sweden, ⁷ Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Beijing China)

雑誌名：PNAS Nexus volume5, Issue3, pgag037（米国の国際学術誌）

公表日：2026 年 3 月 17 日 （オンライン公開）

論文公開 URL： https://academic.oup.com/pnasnexus/article-lookup/doi/10.1093/pnasnexus/pgag037（外部サイトへリンク） 

公開ニュースリリース EurekAlert! での紹介

URL：https://www.eurekalert.org/news-releases/1119805（外部サイトへリンク） 

 

^※注1
近年では、世界的に希少な海鳥、オガサワラヒメミズナギドリが2015年に小笠原諸島で発見された研究例や、2020年にこれまでカワラヒワの亜種とされていた、オガサワラカワラヒワが独立種に分類の再検討がされた例などがある。（元に戻る）

^※注2
本種の捕獲は、環境省、文化庁の許可を得て行われた。（元に戻る）

用語の説明

• ムシクイ
  スズメ目鳥類で「ムシクイ」と名前が付く仲間はいくつかいるが、ここではスズメ目ムシクイ科に属する種を指す。全身がオリーブ色で似たような外見、昆虫食なのが特徴。旧北区を中心に分布し、全世界で77種いるといわれている。
• ヤンバルクイナ
  沖縄県沖縄島の北部、やんばる地域にのみ生息する大型のクイナの仲間。絶滅危惧種。1981年に新種として発表された。
• イイジマムシクイ
  英名Ijima’s Leaf Warbler、学名Phylloscopous ijimae。スズメ目ムシクイ科、体長約12 cm、体重約10 g。全身がオリーブ色で眼の上に翼に黄白色の斑がある。伊豆諸島の常緑広葉樹林で繁殖し、冬期は東南アジアで越冬する。主に昆虫を食べる。
• トカラムシクイ
  英名Tokara Leaf Warbler、学名Phylloscopous tokaraensis。スズメ目ムシクイ科、体長約12 cm、体重約10 g。外見はイイジマムシクイに似る。トカラ列島のタケやぶや広葉樹の低木に巣を造り、冬期は東南アジアで越冬する。本発表で記載された新種。
• タイプ標本
  分類を行う上でその基準、証拠となる学術標本。
• 分子系統解析
  アミノ酸配列やDNAの塩基配列を用いて、生物間の進化的道筋（系統）や類縁関係を調べる解析方法。分子時計を用いて、分岐した生物間の分岐年代を推定することもできる。
• 隠蔽種
  外見が非常に似ているため、これまで同種として分類されてきたが、実際には遺伝子レベルで異なる複数の種のことを指す。

 

参考図表

図1.イイジマムシクイとトカラムシクイの繁殖分布図
（地理院地図を加工して作成）

図2.伊豆個体群とトカラ個体群との系統関係（ミトコンドリアDNAチトクロムb領域の分子系統樹に基づく）

図3.トカラムシクイ（雄成鳥、2017年6月10日トカラ列島中之島捕獲^※注2）

図4.タイプ標本（雄成鳥 標本番号YIO-76774山階鳥類研究所蔵）

 

引用文献：
Higuchi H & Kawaji N (1989) Ijima's Willow Warbler Phylloscopus ijimae of the Tokara Islands, a new breeding locality, in southwest Japan. Bull Biogeogr Soc Japan 44: 11-15.

関伸一（2024）トカラ列島で繁殖するイイジマムシクイ隔離集団の分布, 生態, 形態および遺伝的特性. 山階鳥学誌56: 33-50.

日本鳥学会（2024）日本鳥類目録改訂第8版. 日本鳥学会, 東京.

 

お問い合わせ先

研究担当者： 森林総合研究所 関西支所 生物多様性研究グループ 主任研究員 関 伸一 広報担当者： 森林総合研究所 企画部広報普及科広報係 Tel: 029-829-8372 E-mail: kouho@ffpri.go.jp